Не заводится после авто-стопа

Попробуйте скинуть клемму с аккумулятора минут на 15, чтобы перегрузить систему...

Если Civic гибрид, то перечень причин, почему после автостопа не заводится, весьма длинный.
Кстати, бессмысленное отключение аккумулятора уничтожает часть информации об неисправностях в памяти контроллеров и делает невозможным детальную диагностику.