Двигатель 12PE1 потерял тягу, троит на горячую и плюется дымом. Клапана отрегулированы, форсунки и ТНВД проверены.

Вполне возможно, что у вас не точно выставлен угол опережения зажигания. Вот видео, где подробно рассказывают, как это сделать самостоятельно:
https://youtu.be/-nCMdVoBZIs