Как закрыть авто на работающем двигателе?

Это сделать можно механическим ключом. Вынимаете ключ из пульта (если он встроен в него), пульт оставляете в слоте для него (машина оставляется заведённой), потом ключом закрываете двери.
Когда поставите сигнализацию с автозапуском, такой проблемы не будет.

сначала нажмите на клавишу ЦЗ,закройте двери,потом свою откройте пимпочкой серху открывашки,и закройде вторым ключам снаружи...
ну так иммо с Цз работают тойотах...

Не получается таким образом, закрывает только водительскую дверь, сигнализация с а/з то же есть, закрыть пробую через приложение выдает ошибку что якобы включено зажигание невозможно поставить в охрану

Значит в настройках сигнализации что-то не правильно. Обратитесь к установщику, чтобы настроил.
По идее, если с сигналкой машина, то никаких проблем быть не должно. Вышел, нажал кнопку, и пошёл - машина должна закрыться.

Если хотите закрыть без сигналки, механическим ключом, тогда алгоритм такой:
Открываете водительское окно, выходите из машины, закрываете дверь, нажимаете кнопку ЦЗ (чтобы машина закрылась), нажимаете на закрытие стеклоподъёмника - стекло закроется. Всё. Открываете потом механическим ключом водительскую дверь, а остальные двери кнопкой.

съэкономили на установке сиги.,не поставили обходчик иммо.
я вот так делаю,как написал в комменте выше,без дергания стекла...и прочих цирковых фокусах.
на многих японцах так ЦЗ с иммо работают,исключение- маркообразные....

Выше было описано, также и я смог закрыть MAZDA CX-3 с заведнным двигателем, машина заведена опускаем водительское стекло клавишей закрываем центральный замок поднимаем стекло - только так!

Закрываешь все двери кнопкой вручную, потом выходишь и закрываешь водительскую механическим ключом.