Подскажите, может у кого то было, в багажник попадает вода, особенно в дождь...

Не знаю конкретно вашу машину, но принцип один: вода попадает либо сверху либо снизу.
Сверху - смотрите резинки-уплотнители по периметру проема багажника.
Снизу (летит с колес, брызги от луж) - внимательно осмотрите днище авто в районе багажника.
1. Должно быть сливное отверстие в нижней точке багажника, там где лежит запаска.
2. Могут быть технологические отверстия снизу кузова.
Все эти отверстия закрываются резиновыми пробками, повреждение которых или усыхание и приводит к попаданию воды в салон (багажник).

И еще посмотрите периметр (проклейку) заднего стекла. Возможно оно менялось и сделано это было некачественно.
Надо заехать в сервис, где ремонтируют / меняют стекла и попросить продуть заднее стекло.

если хэтч смотри задние фонари (их уплотнители) фонарь придется снять, заменить уплотнитель (либо засиликонить)