Если на машине установлена сигнализация, то один из чипов запрятан в машине. Pавести двигатель такой машины сумеет не только квалифицированный угонщик, но даже пионер.
Скорее всего, это не из-за ключей, до этого же она заводилась?! Тем более, чип спрятан в салоне авто по-любому.
Вот, сигнализация МОЖЕТ блокировать запуск мотора! Попробуйте отключить сигнализацию, или скиньте клемму с аккумулятора минут на 15, потом накиньте и попробуйте завести.