После замены масла в вариаторе уровень показывает на один сантиметр выше нормы, влияет ли это на работу вариатора и стоит ли сливать лишнее

Сливать стоит. Только точно убедитесь, что вы правильно измеряли уровень(по температуре и на каком режиме и т.п.).

На Мицах обычно проверяется в положении селектора АКПП "N",на холодную (двигатель прогрет) между делений COLD,да горячую (после поездки) между делений HOT.Если уровеь выше-берём шприц или спринцовку и с помощью силиконовой трубки откачиваем через щуп излишек.
Один см-это грамм 200-300.