Подскажите пожалуйста блок управления АКПП с Pajero mini на Pajero Junior будет работать?

Если маркировка на них одинаковая, то, мне кажется, будет работать. Посмотрите в разделе запчастей, выберите и свяжитесь с продавцом, чтобы уточнить все нюансы. Те, кто ими занимается, должны быть в курсе:
http://baza.drom.ru/sell_spar...

Всё просто, открывай схемы электрические на обе машины, сравнивай цепи и номера контактов блоков. Пара часов и сам получишь ответ.
А продавцы умеют только деньги считать, в технических вопросах не просто неграмотные, а сочиняют на ходу с потолка красивый ответ за доли секунды, чтоб сбыть товар.

Только с 56 кузова мини, на 58 уже другие блоки идут