Есть 2 ключа машина запускается с обоих, но с пульта не открывает и не закрывает двери, может ли быть причина в неисправном

Нет. Иммобилайзер отвечает за запуск двигателя, точнее - он блокирует его, если не видит метку в ключе. Попробуйте заменить батарейку в одном из ключей, причина может быть в севшей батарейке.

Батареи новые в обоих ключах