Проблемы с переключением передач на прогретом двигателе

Привет! Проверьте уровень масла в коробке.

Привет, с момента замены автомато езжу, проверяю, уровень в норме.

Вы же установили не новую коробку?! Далеко не факт, что она не имела никаких проблем. Обратитесь в Сервис по ремонту АКПП и сделайте её диагностику, по её результатам станет понятно - всё в порядке с ней или нет.

Совместная работа АКПП и ДВС всегда настраивается. Например на ММС РВР помнится по специальному алгоритму настраивалось напряжение на ДПДЗ в определённом положении + тестовые заезды, для скажем так "тактильной" регулировки. Подозреваю, что и у вас тоже что-то подобное надо проделать. И не надо думать, что железяки все одинаковые, они совершенно разные. И, даже делая одно и тоже на 3 вроде бы одинаковых РВРах по итогу регулировку заканчивали на разных показаниях вольтажа на ДПДЗ, причём существенно разных.

Обороты плавают пропорционально изменению количества поступающего в двигатель воздуха.
В этом направлении и ищите дефект, а не уровень масла проверяйте.

Искать коробку...