Почему пропала искра на Ниссан Икс-Трейл 2003?

где то значит коротит, плюс скорей вода попала в коробас

Вы не указали масштабы подтопления... Если машина из речки ,то вскрываются все коробки с электроникой промываются и сушатся ,если из моря то время на указанные операции сокращается до минимума ,чем быстрее тем лучше. Попавшая в коробки и проводку вода вызывает коррозию и выводит из строя электрику... Замена масла само собой тоже необходима и моторного и в коробке. Работа трудоёмкая ,богатые японцы такие машины утилизируют. На СТО начнут канючить ,что сложно ,мы только по новым иномаркам ,а старые не делаем и т.д. Постарайтесь найти специалиста помимо СТО ,чтобы он провёл внимательно ревизию и нашёл причину. Ну и готовьтесь к финансовым затратам...

Утопили в речке, вода по сиденья натекла

Блок управления двигателем в ногах внизу в него ,видимо, тоже вода попала. В коробки вспомогательные ,возможно в реле ,которые по низу ,в предохранители если коробка с ними внизу. Время сейчас работает против авто,чем быстрее начнутся реанимационные работы тем больше шансов на успех. В АКПП скорее всего вода попала как её выгнать без разборки сказать затрудняюсь ,наверное , японцы тоже не знают они её не для подводной лодки создавали...

Электронику всю высушили в первый день, масло в акпп поменяли, акпп промыли 50:50 дикстрон и дт, не делали прокачку по системе охлаждения, из за чего с трубки вышел воздух и масло, может ли это стать причиной того что пропало питание на эбу?

Система охлаждения мотора никак не связана с АКПП и системой смазки двигателя ,а тем более с ЭБУ. Змеевик идущий от АКПП к нижнему бачку радиатора охлаждения ,предназначен для подогрева масла в АКПП ,но с системой охлаждения никак не связан напрямую. ЭБУ на заводе покрывают лаком и кратковременное нахождение в воде не вызовет его поломку ,тем более Вы пишете его промывали. +12 вольт на ЭБУ идёт сразу несколько ,проверьте главное реле питания на ЭБУ ,на систему зажигания установлено отдельное реле его тоже надо проверить. Скорее всего ЭБУ у Вас исправно и надо причину искать в датчиках идущих к нему ,либо в проводке,возможно и в плохом контакте разъёмов. Самый эффективный способ обнаружить ,что неисправно это когда рядом стоит аналогичный автомобиль и с него последовательно ставятся рабочие агрегаты на неисправную машину ,пока она не заведётся... Но на такие проверки никто свой исправный автомобиль не даст. Покупать наудачу эти агрегаты для замены ... так можно целый автомобиль купить по частям да и затраты большие. Можно попробовать найти электросхему заводскую и по контрольным точкам проверить что неисправно. Дело осложняется ещё и тем ,что диагностика по кодам неисправностей тоже может ничего не показать... Но в любом случае Вы пишете ,что быстро всё промыли и высушили ,а это уже залог к успеху. Возможно замена какого нибудь датчика всё исправит и машина поедет.

Реле запуска эбу я уже поменял, повторная замена ничего не дало. А какие датчики замкнуты в цепи зажигания?

У Вас должно быть катушка зажигания и трамблёр в одном блоке объединены это основной узел искрообразования ,там же вероятно и коммутатор (выполняет роль прерывателя ,как на старых машинах с карбюратором ,только электронный. Если эту штуковину сможете с другой машины взять на пробу это уже половина проверки сделана. Есть ещё датчик положения коленвала ,но он влияет на момент искрообразования (раньше-позже) Не знаю годится ли в Вашем варианте такая проверка: снять блок трамблёра с мотора , вынуть свечи ,заземлить их на корпус, надев колпаки и проворачивая трамблёр по ходу вращения проверять наличие искры. Это чтобы не крутить мотор. Я так делал но на более раннем моторе Ниссан ,когда не мог понять почему не заводится мотор. По низковольтной цепи можно проверить приходит ли +12 вольт на трамблёр на его разъёме. Есть в жгутах проводки плавкие вставки-предохранители ,могут быть и плавкие перемычки-предохранители это для защиты от пожара в случае замыкания проверьте их целостность. Инжекторы бензиновые срабатывают при вращении мотора ? Нет только искры ? ЭБУ участвует в искрообразовании таким образом:получает сигнал от датчика положения коленвала и подаёт сигнал на коммутатор(расположен в блоке трамблёра) ,проскакивает искра а бегунок эту искру подаёт в нужный цилиндр.

Тоесть проще говоря надо проверять датчики каленвала и распреда ?

Случай у Вас не типовой и куда двигаться искать точно никто не скажет... Если браться "по взрослому" ,надо найти руководство по эксплуатации двигателя вашего авто .Если машина леворульная ,то на английском языке должно быть ,есть ли русский вариант не знаю ,может и не быть. Я на свою праворульную брал на Yahoo на японском языке ,но по картинкам и схемам понятно что к чему. В таких руководствах указана методика проверки всех систем. Я лично узнал по своей много нового... Если машина Вас "утомила" до крайности ,сделайте перерыв ,на свежую голову придут новые мысли что делать дальше.