Может ли быть подсос воздуха с под плунжернаой пары если она уже в свое отработала и плавают

нет,внутри ТНВД воздуха нет.
он может только из бака взяться по топливной магистрали,замените сетку в баке,топливный фильтр и осмотрите трубки и шланги ,таи где есть следы поддеков- там и возможно воздух посасывает