Сел аккумулятор поставил другую после этого начало появлятся чек при включении передачи

Не тот аккумулятор поставили! Если машина оборудована опцией «i-Stop», то нужен аккумулятор технологии AMG или гелевый.

Ну тот аккумулятор зарядил и поставил обратно

Индикатор CHECK загорается при обнаружении неисправности в системе управления двигателем и трансмиссией.
Для точного ответа требуется прочитать код неисправности. Кодов больше сотни.
И какой код был прочитан Вами?

Аккумулятор, а тем более его тип на появление ЧЕКа не влияет. Ну если только вкрячить заведомо убитый и разряженный. Всё остальное может иметь последствия только в отдалённой перспективе.
Так что ищите причину.

Подключите сканер, расшифруйте чек, или обратитесь в Сервис на диагностику. Вполне вероятно, что чек с аккумулятором не связан...