Поставил новую коробку и двигатель перестал нормально работать. При заводе низкие обороты.при нажатии на педаль газа обороты не повышаются.

Во-первых, коробку вы поставили не новую, а б/у. Ну, и во-вторых, что-то сделали не правильно. Обратитесь в Сервис по ремонту АКПП, специалисты разберутся и скажут в чём причина.
Можете почитать эту ветку, может быть что-то из обсуждения в ней натолкнёт вас на нужную мысль: https://forums.drom.ru/toyota-...

Да коробка б/у. Но проблема не в коробке. Подскажите может где провод переломился. Фишки подключены все

Проверьте все места, где проводился демонтаж. Могли перегнуть или придавить топливопровод, - как вариант, или что-то оторвали, причин может быть много. Проверьте всё, к чему прикасались руки при замене агрегата, и вы обязательно найдёте проблему. Потом напишите в этой ветке, в чём была проблема, это кому-то обязательно поможет в схожей ситуации.

Видимых дефектов нет.

Ищите не видимые... Если до замены коробки проблем не было, значит при замене что-то было сделано криво...

С воздушного фильтра упаковочный пластиковый пакет снял?

трос газа неправильно одели)))