Здравствуйте. Подскажите пожалуйста, почему в двигателе залито масла как указано в книге 5,6 л.

Проверь как постоит часик.При необходимости долей ещё пол литра

Стояла не один час. Доливать больше масла, боюсь сальники выдавит. Брал авто с поломкой, капиталил двиг. Даже не знаю что делать. Давление масла норм., работает хорошо, ровно, не дымит, а уровня нет.

Долейте до уровня, должен быть между метками, и последите за ним. Чего бояться то?! Если накосячили при капиталке, вы это определите только таким способом. А заводить при таком низком уровне крайне не желательно, даже опасно, тем более, что двигатель после капиталки и ещё не притёрся!

просто фильтр чуть больше размером поставили

Сальники не выдавит,если ты даже перельешь на грамм 100,это не критично.А уровень однозначно должен быть.Не смотри сколько влил,а выстави уровень как положенно!