Здравствуйте, поменял на своем фунтике акпп на контракт, и столкнулся с проблемой пинка с 3 на 4 передачу и с 4 на 3.

Контракт по маркировке аналогичен исходнику? Точь в точь?
Если да, то покурите мануал, во-первых на предмет того, как сделать диагностику, т.е. посмотреть ошибки по трансмиссии и понять всё ли с ней в порядке(контракт не новьё могут быть свои тараканы), во-вторых на предмет того, как отрегулировать ДПДЗ, который большей частью и ответственен за моменты переключения и мягкость оных.