Как зарегистрировать авто с замененным двигателем?

Пробуйте вернуть машину продавцу! Любыми способами. Надо было думать до покупки, и не слушать продавца, что бы он ни говорил...
Либо официально купить двигатель с документами и заменить свой движок на него!

Двигатель является запчастью, номера на нем не должны сверять. Попробуйте съездить в другое подразделение МРЭО, в соседний район например.