Поменял двигатель проехал 1000км, всё было отлично! В какой то момент машина перестала ехать и начала троить...

Сделайте диагностику, прочитайте ошибки... станет ясно что случилось-приключилось. Если это произошло после заправки - постарайтесь выжечь до талого весь бенз и заправить полный бак на нормальной АЗС.