Машина на учете стояла во владивостоке, купили в хабаровске, сделали акт купли продажи.

Если покупали не у фирмы, а у частного лица, то в ПТС должна стоять только подпись продавца, ну и, естественно, подпись покупателя.
Никаких печатей быть не должно, за исключением поставленных в ГИБДД на прошлой регистрации.