После замены вариатора (старый сгорел), перестал включаться режим «M» (Manual) – «мануал», ручной режим (имитация механики).

Попробуйте обратиться к диагностам и сделать диагностику коробки. Может быть вариатор, который вы поставили не имеет этой функции, или коробочные мозги не подошли... вариантов может быть очень много, разбираться нужно на месте и с помощью сканера, желательно дилерского...