При замене аккумулятора, что то блокируется, может требуется потом перепрошивка?

Замените аккумулятор на новый, не прекращая подачу питания в бортсеть +12В.

Ничего не блокируется, кроме магнитолы, причём, такая беда не со всеми моделями магнитол. Никакая перепрошивка не потребуется.