Не периодически особенно при морозе происходит падение напряжения в бортовой цепи почти до 0 вольт. Снимали генератор,проверяли на стенде.

В машине два источника тока соединённых параллельно: аккумулятор и генератор.
На их выводах всегда одинаковое напряжение ( физика 5 класс ).
Если в борт сети напряжение равно 0 вольт, значит в бортсети обрыв.
Т.к. напряжение аккумулятора периодически уменьшатся до такого минимума не может в принципе.
Генератор зря снимали и ремонтировали.
Искать просто - контролькой от клемм аккумулятора и далее по всем цепям.

как вариант- просто неисправный вольтметр. У меня была такая беда на новой газели (правда в жару). Через некоторое время стрелка вольтметра падала на ноль, хотя зарядка шла.
И что значит трудно прогревается двигатель. В пределах 15 минут- это норма. Если намного дольше- элементарно поменяйте термостат (он не закрывается).

А при этой неисправности возможен ли неисправность аккумулятора (осыпание пластин,короткая в цепи)